Το ΤΕΠΑ Λεύκιππος λειτουργεί ως μονάδα του ΕΚΕΦΕ Δημόκριτος υπό τον Πρόεδρο και το ΔΣ του Κέντρου. Υποστηρίζεται διοικητικά από το Τμήμα Οργάνωσης & Παραγωγικότητας της Διεύθυνσης Διοικητικού, καθώς και από τις διοικητικές και τεχνικές υπηρεσίες του Κέντρου.
Το ΤΕΠΑ Λεύκιππος υποστηρίζεται επίσης από πενταμελή Συμβουλευτική Επιτροπή αποτελούμενη από ερευνητές του ΕΚΕΦΕ Δημόκριτος με διοικητική εμπειρία, καθώς και εμπειρία σε θέματα καινοτομίας, πατεντών, ίδρυσης spin-off εταιριών, κλπ. Η επιτροπή του ΤΕΠΑ ορίζεται από το Διοικητικό Συμβούλιο του ΕΚΕΦΕ Δημόκριτος. Αρμοδιότητες της Επιτροπής είναι η παρακολούθηση της ομαλής λειτουργίας του ΤΕΠΑ Λεύκιππος, ο έλεγχος των οικονομικών, η γνωμοδότηση για όλα τα θέματα που αφορούν τους σκοπούς, δραστηριότητες και υπηρεσίες, οργανωτική δομή, κανονισμό κλπ, καθώς και η προώθηση δράσεων σε εθνικό και διεθνές επίπεδο, και η συμβολή στην προβολή του έργου του ΤΕΠΑ Λεύκιππος και των εγκατεστημένων εταιριών.